El Departamento de Acuicultura y Recursos es una unidad académica de carácter multidisciplinario dedicada a la generación y transmisión de conocimiento aportando al desarrollo de la Región de Los Lagos, efectuando docencia de pregrado, investigación básica y aplicada, desarrollo tecnológico e innovación (I+D+i) en las áreas de acuicultura, recursos marinos y recursos agroalimentarios, desarrollando vinculación con el medio a través de la docencia, investigación y la generación de nuevos productos, procesos, servicios y transferencia tecnológica en un marco valórico de respeto al medio ambiente, la ética, el pluralismo, la tolerancia y la inclusión. Desde la creación de la Universidad de Los Lagos (1993) se estableció como una de las áreas prioritarias a desarrollar la del “Ambiente y Recursos Naturales Acuáticos”, a través del “estudio multidisciplinario del ambiente acuático en el sur de Chile, preferentemente los aspectos ecológicos y de cultivos acuáticos, considerando sus componentes biológicos, tecnológicos, económicos y sociales”.

Alberga a las carreras de Biología Marina, Ingeniería en Alimentos, Agronomía e Ingeniería en Acuicultura, esta última está actualmente discontinuada y en proceso de rediseño curricular. Además existe una respetada tradición en la formación de profesionales y técnicos, a nivel regional y nacional. Por otro lado, los académicos tienen postgrado en distintas especialidades lo que asegura una visión y enfoque interdisciplinar en la formación de los estudiantes. 

Actualmente, el Departamento cuenta con tres unidades que sirven de apoyo a la docencia y a la investigación (Centro de Acuicultura y Ciencias del mar, -CEACIMA Metri-, la piscicultura Rio Sur y la Estación Limnológica Lago Rupanco), laboratorios de docencia e investigación en diferentes especialidades; así como el desarrollo permanente de proyectos nacionales e internacionales e  Investigación básica y aplicada, en ejecución. Además, dispone del apoyo para la investigación, del Centro de Análisis de Alimentos (CEAL), del Centro de Análisis de Agua (WAC) y del Programa de conservación, manejo y utilización sustentable de los recursos genéticos (FITOGEN). Además, en el área de agronomía, se espera ofrecer extensión agropecuaria al sector productivo regional, con la implementación de un Centro Experimental de Agronomía Ulagos, con un demostrativo de frutales y de cultivos anuales y hortalizas, además de tecnologías de producción que lleven a la agricultura a ser carbono neutral, y así contribuir a la mitigación del cambio climático.

Se destaca la participación de académicos del Departamento de Acuicultura y Recursos Agroalimentarios en proyectos de investigación internos y externos, en diversos ámbitos de conocimiento. En el marco de estos proyectos, se mantiene un alto nivel de colaboración con la comunidad científica nacional e internacional.